在神奇种子特攻队与妖魔军团发生文明村庄保卫战以后，妖魔军团又数次对文明村庄进行了攻击，但每次都被神奇种子特工队打的落花流水。后来邪恶黑暗森林国王的妖魔军团干脆不再侵犯文明村庄，他们龟缩在暗黑丛林里，祸害着那里的生灵。
这一天，怀着驱散黑暗，传播文明，消灭暗黑森林国王的理想，小明决定带着他的神奇种子制造机和朋友们去森林里探险，继续探寻妖怪的踪迹。
一路上，他们将战服变成普通休闲的模样。一路欢声笑语。
“嘿，小明，这次探险肯定特别有趣！”小刚兴奋地说道。
小明笑着回应：“那是当然，说不定会有什么新奇的发现呢。”小美走在小明身边，脸上洋溢着笑容。
小亮打开战靴的飞行功能，一边向前探索，一边在丛林里飞来飞去。小明说道：“战靴的飞行功能不要轻易打开，太消耗能量了，只有在关键时刻才能使用。”
当他们走进森林深处的山谷时，发现了一个隐藏在林间的村庄。他们兴奋地走上前去。然而，当他们刚一踏进村庄，原本晴朗的天空突然变得乌云笼罩，整个世界仿佛瞬间切换了生存模式，一下陷入了黑暗，如黑夜一般。村里的家家户户，不得不点上了蜡烛。
小明和小伙伴们觉得很奇怪，看到前面有家商店亮着灯，小明他们就上去和店老板攀谈起来。
原来，这是乌云怪在作祟。这乌云怪是森林里邪恶黑暗森林国王的爪牙，它按照国王的指令，用强大的魔法乌云遮蔽了这里的天空，让这个原本充满生机的村庄变得暗无天日。村庄里的人们和可爱的小动物们为了能有一丝光亮继续生活，不得不向乌云怪购买价格极其昂贵的蜡烛。乌云怪使得大家的生活陷入了极度的困苦之中。
小明迅速启动神奇种子制造机，制造出了一颗照明种子，种下去后瞬间长出了许多能发出璀璨光芒的花朵。小明把这些花朵分给村民，可是村民们却不敢要。村民们告诉小明，乌云怪对村里所有发光的东西，实行专卖管控。除了买乌云怪的蜡烛，用其他的方法取得亮光都是违法，一旦被发现，就会被抓起来，只有缴纳高额的罚款才能保住性命，否则，就是处以死刑。
小明听到村民们的讲述，心中燃起了熊熊的怒火。“这可恶的乌云怪，怎么能这样欺压大家！”他在心里暗暗发誓，一定要打败这个邪恶的家伙，让村庄恢复往日的光明与安宁。
小明想了想，让村民从家里拿来乌云怪的蜡烛，用种子制造机进行了扫描，然后重新进行编程。从种子机里跳出一颗新的种子，小明把他种在地上，很快长成了一棵树，树上立马接出了和乌云怪一模一样的蜡烛。
他们一起把这些蜡烛分给村民。
忽然有两个黑衣人向他们走来。一个老者对小明说：“乌云怪的爪牙来了，你们赶快走吧。谢谢你们。”村民们四散而逃。
黑衣人看着小明他们，又看看地上放着的蜡烛。声色俱厉地说道：“你们是干什么的？以前怎么没有见过你们？你们的蜡烛是从哪里来的？”
小亮说：“听说你们这里特别黑，特别需要光明，我们特地送来了这些蜡烛。”
黑衣人拿起一根蜡烛仔细看了看。虽然觉得很不对劲儿，但也没看出有什么区别。继续厉声说道：“你们这是假冒伪劣产品，必须没收。你们违反了发光产品的专卖制度，请跟我们走一趟吧。”
小刚说：“你们不能不讲理啊，你们有什么证据证明这是假冒伪劣产品呢？”
黑衣人说道：“我们不需要什么证据。就凭我们不认识你们。”
小明说：“你要把我们带去哪里呢？”
黑衣人说。：“你们就直接跟着我们走就是了，哪来那么多废话！”
小刚要上前争辩，小明阻止了他。小明说：“好吧。我们跟你们走。”
小明他们跟着黑衣人一路前行，最后来到了一所院子跟前，院门上挂着一个牌子，上面写着“发光体违规处理中心”。
进得院来，是一排牢房，里面关满了人。每个人的脖子上都挂着罪名牌。有的上面写着“非法使用发光体——树枝”，有的上面写着“非法使用发光体——艾草”，不一而足。有一个人脖子上挂的竟然是“非法使用发光体——萤火虫”。还有两个人被锁在一块儿，一个人脖子上挂的是“非法凿壁偷光”，另一个人脖子上挂的是“非法提供光源”。
还有一群人脖子上挂的是“恶意不用光源”。小刚奇怪的问：“什么是恶意不使用光源？”小亮笑笑说：“那肯定是长期没钱买蜡烛了。”小刚和小美惊讶地睁大了眼睛。
黑衣人带他们来到一间办公室。带头的黑衣人走到办公桌后面在宽阔的老板椅上坐下。脚搭在办公桌上，斜躺在哪里。然后点了一支烟。悠悠的说道：“你们这可是大罪，是我从没遇到过的大案。非法拥有这么多挑不出毛病的蜡烛。说说吧，蜡烛从哪里来的？你们准备怎么办？”
小明假装很害怕，说道：“我们初到贵地，也不知道规矩。”
黑衣人手里笑了笑，说道：“在我们这里蜡烛属于专卖品。一根蜡烛值三十天的口粮钱。你们看到外面那些人了吗？外面那些人处罚是三十天的口粮钱，交了钱才可以走，晚交一天，加罚两天口粮钱。而你们非法拥有一百多根蜡烛。货物没收，按价值十倍进行罚款。自己算算吧。是现在交钱的还是让我先把你们关起来。”
小刚说：“那你这不是个天文数字。”
小明笑了笑说：“我们愿意现在交钱。”
“爽快！”黑衣人头领哈哈大笑起来。他的眼珠转了转，又说：“现在交钱要加收百分之十的加急费用。”
小美说：“现在给你交钱居然还要收加急费。你这也太霸道了吧。”
黑衣人头领笑笑说：“你也可以让我们在这儿关几天再交。那样就不用加急费了。我的地盘我做主。”
小明大声说：“没问题，我现在就给你。”
说是迟那时快，小明迅速掏出种子发射枪。“砰”的一声射出一颗藤蔓种子，迅速把两个黑衣人捆在地上。
听到动静，从旁边的房间里冲进来七八个黑衣人。小美，小刚和小亮立马变身战衣，三下五除二把所有黑衣人制服，被用藤蔓捆了个结实。
黑衣人头目气的哇哇大叫：“你们是什么人？竟敢如此大胆妄为。”
小明大声说：“我们是神奇种子特攻队，是终结你们命运的人。”
小美用魔法去除了黑衣人身上的伪装，原来他们是一群野狗，在乌云怪的魔法下变成黑衣人。
小明他们走出办公室，放走了院子里被关押的村民。然后他们走出院子，小亮用火箭射向院子，院子里立马燃起了熊熊大火，把整个村子都照亮了。村民们都悄悄的欢呼起来。